
Η μακραίωνη κυριαρχία των Ενετών καταλύθηκε οριστικά την περίοδο των ναπολεόντειων πολέμων, που συγκλόνισαν την Ευρώπη μετά το 1797. Η συνθήκη της Κωνσταντινούπολης μεταξύ Γαλλίας, Ρωσίας και Οθωμανικής Αυτοκρατορίας (1800) καθόριζε καθεστώς αυτονομίας για τα Επτάνησα, υπό Τ!1ν επικυριαρχία της Πύλης. Συγκροτήθηκε έτσι η Επτάνησος Πολιτεία, το πρώτο ελεύθερο ελληνικό κρατίδιο των νεότερων χρόνων. Το 1807 η Γαλλία κατέλαβε τα νησιά, τα οποία επέστρεψαν στον έλεγχο της Βρετανίας με τη συνθήκη της Βιέννης, το 1815. Από το 1817 τα νησιά απέκτησαν Σύν! ταγμα και τέθηκαν επίσημα «υπό την προστασία της βασίλισσας της Μεγάλης Βρετανίας». Ουσιαστικά - και παρά την ύπαρξη Κοινοβουλίου και Γερουσίας - η πραγματική εξουσία βρισκόταν στα χέρια του διορισμένου από τη Βρετανία - ύπατου αρμοστή.
Η περίοδος που ακολούθησε έθεσε σε δοκιμασία τις αντοχές του καθεστώτος, κυρίως με τις τοπικές εξεγέρσεις εναντίον των Βρετανών.
Οι ενέργειες αυτού του τύπου αντικατόπτριζαν τη διαμόρφωση ανταγωνιστικών κομματικών σχηματισμών, που διαφοροποιούνταν ως προς το ενδεχόμενο αποτίναξης της βρετανικής προστασίας. Επίσης, εξέφραζαν τη διάχυση των ιδεών του Διαφωτισμού, μιας και ο χώρος ήταν προνομιακός ως προς τη διείσδυση φιλελεύθερων ιδεών, κυρίως από την ιταλική χερσόνησο.
Η εσωτερική αυτή διαμάχη πήρε οξύτερο χαρακτήρα με την Ελληνική Επανάσταση και τη δημιουργία του ελληνικού βασιλείου. Το κύριο αίτημα της πλέον ριζοσπαστικής μερίδας των Επτανήσιων ήταν η Ένωση με την Ελλάδα. Επιπλέον, απαιτούσαν κοινωνικές και πολιτικές μεταρρυθμίσεις (καθιέρωση καθολικής ψηφοφορίας, ελευθεροτυπία). Στους κόλπους της προοδευτικής αυτής μερίδας βρέθηκαν επιφανείς προσωπικότητες της εποχής (όπως ο ποιητής Αριστοτέλης Βαλαωρίτης).